Cada cop hi ha més estudis que indiquen que aquestes espècies amb potencial bioactiu estan sent afectades a la mediterrània. La contaminació del mar pel vessament de compostos químics, per exemple, provoca danys a les poblacions d'esponges i altres organismes que tenen un tipus de creixement lent. També, els efectes de l’activitat recreativa dels éssers humans a mar causa un impacte negatiu a les espècies amb potencial bioactiu. Les àncores dels vaixells fondejats causen danys mecànics a les algues i organismes bentònics; la pesca submarina, natació i submarinisme poden danyar els organismes sèssils que habiten als fons rocosos i, també, l’increment de la temperatura del mar, provocada pel canvi climàtic, pot causar una mortalitat massiva d’aquestes espècies bentòniques degut a la proliferació d’organismes patògens oportunistes termòfils.
Tot i que algunes espècies amb potencial bioactiu són considerades com a vulnerables i, per tant, incloses en alguna llista i/o conveni, això no vol dir que estiguin legalment protegides. Actualment degut a la contaminació, els impactes de les activitats turístiques, la sobreexplotació pesquera i el canvi climàtic fa que moltes poblacions d’espècies autòctones estiguin veient disminuïts les seves abundàncies i biomasses.
És per això que es requereixen de noves mesures de gestió adequades i concretes de totes aquestes espècies vulnerables, fent seguiments de les seves poblacions i establint mesures específiques de gestió. Convé urgentment realitzar accions de protecció per a aquestes espècies no només per a preservar la diversitat marina i l’aliment que n’obtenim, sinó també perquè poden representar una font potencial de molècules amb propietats d’interès farmacològic. Pel que fa a la gestió de la pesca, no cal només tenir en compte la importància de la conservació dels estocs pesquers i els beneficis socials i econòmics que comporta la pesca, sinó també els beneficis per a la salut que comporta la ingesta de peix a través del seu potencial antioxidant.