Cada vez hay más estudios que indican que estas especies con potencial bioactivo están siendo afectadas en la mediterránea. La contaminación del mar por el vertido de compuestos químicos, por ejemplo, provoca daños a las poblaciones de esponjas y otros organismos que tienen un tipo de crecimiento lento. También, el efecto de la actividad recreativa de los seres humanos en el mar causa un impacto negativo en las especies con potencial bioactivo. Las anclas de los barcos fondeados causan daños mecánicos a las algas y organismos bentónicos; la pesca submarina, natación y submarinismo pueden dañar los organismos sésiles que habitan en los fondos rocosos y, también, el incremento de la temperatura del mar, provocada por el cambio climático, puede causar una mortalidad masiva de estas especies bentónicas debido a la proliferación de organismos patógenos oportunistas termófilos.
Aunque algunas especies con potencial bioactivo son consideradas como vulnerables y, por tanto, incluidas en alguna lista y / o convenio, esto no quiere decir que estén legalmente protegidas. Actualmente debido a la contaminación, los impactos de las actividades turísticas, la sobreexplotación pesquera y el cambio climático hace que muchas poblaciones de especies autóctonas estén viendo disminuidos sus abundancias y biomasas.
Es por ello que se requieren de nuevas medidas de gestión adecuadas y concretas de todas estas especies vulnerables, haciendo seguimientos de sus poblaciones y estableciendo medidas específicas de gestión. Conviene urgentemente realizar acciones de protección para estas especies no sólo para preservar la diversidad marina y el alimento que obtenemos, sino también porque pueden representar una fuente potencial de moléculas con propiedades de interés farmacológico. Referente a la gestión de la pesca, no es necesario sólo tener en cuenta la importancia de la conservación de los stocks pesqueros y los beneficios sociales y económicos que conlleva la pesca, sino también los beneficios para la salud que conlleva la ingesta de pescado a través de su potencial antioxidante.